Новото приключение те връща назад във времето в края на събитията от Crash Bandicoot: Warped, в която Neo Cortex, Dr. Dr. Tropy и Uka Uka са изгубени на една далечна планета. След десетилетия на безплодни усилия, тримата най-накрая успяват да избягат, създавайки дупка във време-пространството. Сега единственото, което може да ги спре по пътя към абсолютна власт, са торбестите герои от Ν. Sanity Island.